Misi SMK Walisongo 2 Gempol adalah sebagai berikut :
1.    Menyelenggarakan pembelajaran berbasis proyek.
2.    Mewujudkan Lulusan Yang Berakhlaqul Karimah Yang berhaluan Aswajah An Nahdliyah
3.    Membudayakan kegiatan disekolah sesuai dengan amalan an nahdiyah.
4.  Mewujudkan Lulusan yang berkarakter mulia, peduli pada kebersihan dan pelestarian lingkungan
5.  Mewujudkan Lulusan yang Unggul dan kompeten dalam penguasaan skill keahlian di  bidangnya masing-masing serta siap menghadapi era globalisasi dan perkembangan teknologi
6.   Mengoptimalkan Keterserapan Lulusan di Perusahaan/IDUKA atau Pendidikan yang Lebih Tinggi
7. Bekerja sama dengan IDUKA dan Lembaga Pelatihan, Perguruan Tinggi dalam peningkatan kualitas SDM guru serta kualitas lulusan
8.    Berdirinya UPJ di masimg-masing jurusan